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MagicPrep® NGS 시스템

MagicPrep NGS 시스템은 Illumina 시퀀싱 플랫폼의 NGS 라이브러리 준비를 위한 간편한 푸시 버튼을 제공하는 새로운 종류의 자동화된 실험실 장비입니다.

MagicPrep NGS 시스템은 기기, 소프트웨어, 사전 최적화된 스크립트, 시약 및 소모품을 포함하는 완벽한 솔루션을 제공합니다.

MagicPrep NGS 시스템은 라이브러리 준비에 필요한 모든 것을 통합합니다. 샘플을 추가하기만 하면 됩니다.




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Tab 01 /
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버튼 하나로 NGS 라이브러리 준비 - 지루한 수동 준비 작업에 대한 해답입니다.

  • 수동 피펫팅에 오랜 시간을 보내지마세요. 로드하고 실행하기만 하면 됩니다. 시스템을 설정하고 10분 이내에 실행을 시작하여 다른 실험을 위한 시간을 확보하세요.
  • 수십 년에 걸쳐 개발되고 최적화된 기존 기술과 새로운 혁신적인 시약 분배 기술을 결합하여 >평균 성공률 99% 이상*의 안정적이고 재현 가능한 NGS 라이브러리 준비.
  • 진정한 워크어웨이 자동화는 라이브러리 준비 중에 비용이 많이 드는 실수를 제거합니다. 최적화된 시약, 소모품 및 오류 없는 작동과 일관된 데이터를 위한 간단한 설정을 통해 누구나 Illumina 시퀀싱을 위한 라이브러리를 만들 수 있습니다.

10분 만에 간단하게 실행 설정.

MagicPrep NGS 시스템을 사용하면 모든 시약과 소모품이 하나의 키트에 미리 분주되어 제공됩니다. 샘플만 준비하면 됩니다. 마스터 믹스나 버퍼를 만들 필요가 없습니다. 다른 시약을 구매할 필요도 없습니다. 카트리지를 기기에 삽입하고 실행을 시작하기만 하면 하루 일과를 계속할 수 있습니다.

신뢰성 및 재현성.

Tecan의 새로운 MagicPrep NGS 시스템은 99% 이상의 평균 성공률*을 달성합니다. 이 시스템은 검증된 기술과 함께 새로운 시약 디스펜싱 기술을 활용하여 사용자 오류 가능성을 최소화하면서 신뢰할 수 있고 재현 가능한 솔루션을 제공합니다. MagicPrep NGS는 완전히 자동화되고 재현 가능한 워크플로우를 제공하므로 연구실은 라이브러리 제작이 아닌 다음 단계의 혁신에 집중할 수 있습니다.

진정한 워크어웨이 자동화.

MagicPrep NGS 시스템은 실행 시작 후 추가 사용자 개입 없이도 진정한 워크어웨이 자동화를 제공합니다. 일단 실행이 시작되면 실험에 집중하고 라이브러리 준비는 MagicPrep NGS가 알아서 처리하도록 맡길 수 있습니다. MagicPrep NGS 기기는 최대 65시간 동안 증발 없이 라이브러리를 저장할 수 있습니다. 언제든지 실행을 시작한 다음 준비가 되면 라이브러리를 검색하세요.




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Tab 02 / DNA SEQ
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MagicPrep NGS용 Revelo™ DNA-Seq Enz

MagicPrep NGS 라이브러리 준비 키트용 Revelo DNA-Seq Enz는 MagicPrep NGS 시스템에서 DNA-Seq 라이브러리를 생성하는 데 필요한 모든 시약을 제공합니다. 이 키트는 50ng에서 500ng의 온전한 게놈 DNA, 강력한 효소 DNA 단편화 및 유연한 멀티플렉싱을 위한 UDI 어댑터에 이르는 광범위한 입력 범위를 제공합니다. 이 키트는 MagicPrep NGS 시스템과 함께 10분의 설정 시간으로 DNA-Seq 라이브러리 준비를 위한 완전 자동화된 솔루션을 제공합니다.

라이브러리는 다양한 GC 함량을 가진 세 가지 박테리아 게놈 혼합물(S. 아우레우스(32% GC), 대장균(50% GC), R. 스페이로이데스(68% GC))의 100ng으로 Revelo DNA-Seq Enz for MagicPrep NGS 키트를 사용하여 생성했습니다. 모든 게놈은 시퀀싱 데이터에서 예상대로 표현되었습니다. 인서트 크기 분석은 세 게놈 모두에서 유사한 인서트 크기를 보여주며, 이는 DNA 단편화가 GC 함량에 의해 편향되지 않았음을 나타냅니다.

일관된 DNA 단편화

  • 광범위한 입력 범위에 대해 사전 최적화된 DNA 단편화는 워크플로우를 간소화합니다.
  • GC 함량에 관계없이 일관된 DNA 단편화를 통해 다양한 샘플 유형에서 고품질 데이터를 얻을 수 있습니다.
  • GC 함량에 관계없이 박테리아 게놈 전체에 걸쳐 균일한 범위와 균일성을 제공합니다.

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입력 유형

입력 유형

DNA

입력 금액:

입력 금액:

50ng - 500ng

# 반응 가능:

# 반응 가능:

32

사용 가능한 샘플 색인

사용 가능한 샘플 색인

최대 96개의 UDI

시퀀싱 플랫폼

시퀀싱 플랫폼

일루미나

Revelo PCR-free DNA-Seq Enz for MagicPrep NGS

The Revelo PCR-free DNA-Seq Enz for MagicPrep NGS library preparation kit provides all the reagents for generating PCR-free DNA-Seq libraries on the MagicPrep NGS system. This kit features an input range from 100 ng to 400 ng of intact genomic DNA, robust enzymatic DNA fragmentation and UDI adaptors for flexible multiplexing. This kit together with the MagicPrep NGS system provides a fully automated solution for PCR –free DNA-Seq library preparation with a 10 minute setup time ideal for sensitive applications.

PCR-free DNA-Seq library construction for sensitive applications

  • Eliminate PCR-induced bias and uneven amplification.
  • Reliable yields for Illumina sequencing needs.
  • Shorter workflow time than standard DNA-Seq.

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Input type

Input type

DNA

Input amount

Input amount

100 ng – 400 ng

# Reactions available

# Reactions available

32

Sample Indexes available

Sample Indexes available

Up to 96 UDI

Sequencing platforms

Sequencing platforms

Illumina

MagicPrep NGS용 Revelo™ DNA-Seq Mech

MagicPrep NGS 라이브러리 준비 키트용 Revelo DNA-Seq Mech는 MagicPrep NGS 시스템에서 DNA-Seq 라이브러리를 생성하는 데 필요한 모든 시약을 제공합니다. 이 키트는 50ng에서 500ng의 프리프래그먼트 게놈 DNA와 유연한 멀티플렉싱을 위한 UDI 어댑터까지 폭넓은 입력 범위를 제공합니다. 이 키트는 MagicPrep NGS 시스템과 함께 10분의 설정 시간으로 DNA-Seq 라이브러리 준비를 위한 완전 자동화된 솔루션을 제공합니다.

MagicPrep NGS용 Revelo DNA-Seq Mech 키트를 사용하여 다양한 GC 함량을 가진 세 가지 박테리아 게놈의 사전 단편화된 혼합물 100ng에서 라이브러리를 생성했습니다(S. 아우레우스(GC 32%), 대장균(GC 50%) 및 R. 스페이로이데스(GC 68%)). 각 게놈의 판독 비율은 자동화된 라이브러리 구축 시 낮은 GC 편향을 보여주는 수동 워크플로우를 사용한 결과와 유사합니다.

사전 단편화된 DNA로부터 고품질 라이브러리 제공

  • 최적화된 워크플로로 표준 수동 프로토콜에 비해 GC 편향을 최소화합니다.
  • 고충실도 PCR 증폭으로 PCR 기반 오류의 발생을 최소화합니다.
  • GC 함량에 관계없이 박테리아 게놈 전체에 걸쳐 커버리지와 균일성을 제공합니다.

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입력 유형

입력 유형

DNA

입력 금액:

입력 금액:

50ng - 500ng

# 반응 가능:

# 반응 가능:

32

사용 가능한 샘플 색인

사용 가능한 샘플 색인

최대 96개의 UDI

시퀀싱 플랫폼

시퀀싱 플랫폼

일루미나




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Tab 03 / mRNA SEQ
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Revelo™ mRNA-Seq for MagicPrep NGS

MagicPrep NGS 라이브러리 준비 키트를 위한 Revelo mRNA-Seq는 MagicPrep NGS 시스템에서 스트랜디드 mRNA-Seq 라이브러리를 생성하기 위한 모든 시약을 제공합니다. 이 키트는 10ng에서 1000ng까지의 총 RNA와 유연한 멀티플렉싱을 위한 UDI 어댑터의 광범위한 입력 범위를 제공합니다. 이 키트는 MagicPrep NGS 시스템과 함께 10분의 설정 시간으로 mRNA-Seq 라이브러리 준비를 위한 완전 자동화된 솔루션을 제공합니다.

라이브러리는 10(16개 라이브러리), 100(24개 라이브러리) 또는 1000ng(16개 라이브러리)의 K562 총 RNA로 시작하여 생성되었습니다. 데이터 분석 결과, 일반적인 라이브러리 지표는 비슷했고 입력량이 100배 차이가 나더라도 일관되게 유전자가 검출되었습니다.

고품질 mRNA-Seq 라이브러리

  • 완전 자동화된 워크플로. 전체 RNA로 시작하면 MagicPrep NGS가 폴리아데닐화된 전사체 선택을 포함한 모든 라이브러리 준비 단계를 수행합니다.
  • 전체 전사체를 고르게 커버하여 데이터 분석 중에 스플라이스 변이체와 이소폼을 검출할 수 있습니다.
  • 100배의 입력 차이에도 일관된 유전자 검출을 통해 고품질 데이터를 제공합니다.

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입력 유형

입력 유형

총 RNA

입력 금액:

입력 금액:

10ng - 1μg

# 반응 가능:

# 반응 가능:

32

사용 가능한 샘플 색인

사용 가능한 샘플 색인

최대 96개의 UDI

시퀀싱 플랫폼

시퀀싱 플랫폼

일루미나




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Tab 04 / 신뢰성
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라이브러리 성공률이란 무엇인가요?

MagicPrep NGS 시스템은 자동화된 라이브러리 준비를 위한 간단하고 신뢰할 수 있는 솔루션을 제공하도록 설계되었습니다. MagicPrep NGS 시스템은 라이브러리 실패를 최소화하기 위해 시약 배합, 자동화 스크립트 및 소모품을 최적화하기 위해 광범위한 테스트를 거쳤습니다.

권장 입력량과 PCR 주기를 사용하는 대조 샘플을 사용하여 MagicPrep NGS 라이브러리 구축 성공률을 테스트했습니다. 총 라이브러리 수율이 200ng 이상인 경우 라이브러리 구축에 성공한 것으로 간주했습니다. 예상 라이브러리 크기 분포는 단편 분석기를 사용한 모든 라이브러리에 대해 확인되었습니다.

라이브러리 품질과 성공 여부는 샘플 품질, 입력량 및 샘플의 잠재적 억제제에 의해 영향을 받습니다. 품질이 낮은 샘플은 성공률이 다양하게 나타날 수 있습니다.

Magic_Reliability-chart_final

>평균 성공률 99% 이상*

대조 샘플을 사용하여 Illumina 시퀀싱을 위한 라이브러리를 생성하기 위해 MagicPrep NGS 시스템을 사용했습니다. 총 59회(472개 샘플)의 실행, mRNA-Seq 및 DNA-Seq 실행의 조합이 10가지 이상의 다른 기기에서 수행되었습니다. 애플리케이션에 관계없이 모든 실행에 대해 평균 라이브러리 성공률을 계산했습니다. 전반적으로 MagicPrep NGS 시스템의 평균 성공률은 99% 이상입니다.

라이브러리 일관성

MagicPrep NGS 시스템은 실행 내 및 여러 실행 간에 일관된 라이브러리 구성을 제공합니다. 단일 기기에서 MagicPrep NGS용 Revelo mRNA-Seq 키트를 사용하여 100ng의 총 RNA로 시작하여 40개의 라이브러리(5회 실행)를 생성했습니다. 각 라이브러리의 총 수율을 그래프로 표시하여 라이브러리 수율의 일관성을 보여줍니다. 각 실행의 CV는 5.8%-16.8%로, 각 실행에 포함된 8개의 샘플이 일관된 수율을 가지고 있음을 나타냅니다. 또한 5번의 실행에서 생성된 라이브러리 수율은 모두 유사하여 MagicPrep NGS 시스템의 일관성을 보여줍니다.




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Tab 05 / faq
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장비

Q1. MagicPrep NGS 시스템의 크기와 무게는 어떻게 되나요?

MagicPrep NGS 시스템의 크기는 58cm x 25cm x 31cm(L x W x H)입니다. 기기의 무게는 18.8kg입니다.

Q2. NGS 라이브러리 준비에 필요한 작동 환경 조건은 무엇인가요?

NGS 라이브러리 준비를 위한 MagicPrep NGS 시스템 작동 조건은 다음과 같습니다:

  • 실내 온도: 20 - 26 ˚C
  • 습도: 30 - 60% 상대 습도(비응축)
  • 고도: 해발 약 500m

Q3. 충분한 공기 흐름을 위해 MagicPrep NGS 시스템 주변에 얼마나 많은 공간이 필요합니까?

MagicPrep NGS 시스템은 공기 흐름을 제한할 수 있는 벽이나 기타 물체로부터 충분한 공간을 확보할 수 있는 위치에 설치해야 합니다. 기기의 측면과 후면에 최소 15cm(6인치) 이상의 막히지 않는 간격을 두는 것이 좋습니다.

Q4. MagicPrep NGS 시스템의 전원 요구 사항은 어떻게 되나요?

MagicPrep NGS 기기에는 다음과 같은 전원 공급 장치가 필요합니다: 100-240VAC, 50-60Hz.

Q5. MagicPrep NGS 시스템에는 무엇이 포함되어 있나요?

MagicPrep NGS 시스템에는 기기, 전원 코드, 샘플 데크 및 샘플 데크 스탠드가 함께 제공됩니다.

Q6. 다른 시약과 함께 MagicPrep NGS 시스템을 사용할 수 있나요?

아니요, MagicPrep NGS 시스템은 Tecan 시약과만 호환됩니다./p>

Q7. 8개 미만의 샘플로 MagicPrep NGS를 실행할 수 있나요?

예. 8개 미만의 샘플로 MagicPrep NGS를 실행할 수 있습니다. 하지만 소모품은 1회만 사용할 수 있습니다. 사용하지 않은 시약은 회수하거나 다음 실행에 사용할 수 없습니다.

Q8. 레벨로 매직프렙 NGS 키트에는 무엇이 포함되어 있나요?

각 키트는 4회 실행(32개 샘플)에 충분합니다. 각 키트에는 시약 카트리지 4개, 마그네틱 비드, 샘플 데크 소모품 4세트가 함께 제공됩니다.

Q1. MagicPrep NGS 시스템에 오류가 표시되면 어떻게 해야 하나요?

전원 사이클을 수행하고 시스템을 다시 시작하세요. 전원 주기를 수행하려면 MagicPrep NGS 시스템을 끄고 LED 스트립이 완전히 꺼질 때까지 기다리세요. 시스템이 완전히 꺼지면 MagicPrep NGS 시스템의 전원을 켭니다. 오류가 지속되면 Tecan 고객 지원팀에 문의하세요.

Q2. 터치 스크린이 반응하지 않거나 터치에 반응하지 않으면 어떻게 해야 하나요?

전원 사이클을 수행하여 시스템을 다시 초기화합니다. 시스템을 다시 시작하기 전에 LED 스트립이 완전히 꺼졌는지 확인하세요. 오류가 지속되면 Tecan 고객 지원팀에 문의하세요.

Q3. 샘플 데크 또는 샘플 데크 구성 요소가 감지되지 않거나 바코드 스캔 중에 오류가 발생하면 어떻게 해야 하나요?

이전에 사용한 소모품으로는 MagicPrep NGS 시스템이 작동하지 않습니다. 새 소모품을 사용 중인지 확인하세요. 바코드 판독을 방해할 수 있는 습기를 닦아내고 기기를 다시 로드하세요. 오류가 지속되면 Tecan 고객 지원팀에 문의하세요.

Q4. 시약 카트리지가 감지되지 않거나 바코드 스캔 중에 오류가 발생하면 어떻게 해야 하나요?

이전에 사용한 소모품으로는 MagicPrep NGS 시스템이 작동하지 않습니다. 새 소모품을 사용 중인지 확인하세요. 바코드 판독을 방해할 수 있는 습기를 닦아내고 기기를 다시 로드하세요. 오류가 지속되면 Tecan 고객 지원팀에 문의하세요.

DNA-Seq MECH

Q1. MagicPrep NGS용 Revelo DNA-Seq Mech에는 어떤 재료가 제공되나요?

Revelo DNA-Seq Mech for MagicPrep NGS는 샘플 덱 구성품, 시약 카트리지 및 Agencourt 비드 단일 튜브로 구성됩니다.

Q2. 어떤 재료나 장비가 필요하거나 유용합니까?

필수 및 권장 장비의 전체 목록은 아래에서 확인할 수 있습니다:

장비

  • 마이크로피펫: 0.5-10 μL, 2-20 μL, 20-200 μL, 200-1000 μL.
  • 0.2mL 튜브 또는 플레이트용 마이크로원심분리기.
  • 입력 DNA 및 최종 라이브러리의 정량화를 위한 Qubit® 2.0, 3.0 또는 4 형광분석기(Thermo Fisher Scientific) 또는 기타 적절한 형광분석기 및 액세서리.
  • 핵산의 전기영동 분석을 위한 5200 단편 분석기 시스템, Agilent 2100 바이오애널라이저 또는 이와 동등한 제품.

시약

  • 핵산 희석용 저 EDTA TE 버퍼, 1X, pH 8.0 [여러 공급업체] 또는 뉴클레아제가 없는 물 [여러 공급업체].
  • 애질런트 고감도 DNA 키트(애질런트, Cat. #5067-4626) 또는 이와 동등한 제품.

소모품 및 랩웨어

  • 뉴클레아제가 없는 배리어(여과된) 피펫 팁.
  • 0.2mL PCR 스트립 튜브 또는 0.2mL 얇은 벽 PCR 플레이트.
  • DNA OFF™(MP Biomedicals, Cat. #11QD0500) 등의 세척 용액.

Q3. DNA 분리에는 어떤 방법을 추천하나요?

컬럼 기반 추출 방법을 권장합니다. 몇 가지 제안 사항은 다음과 같습니다: Qiagen QIAprep 스핀 미니프렙 키트, Zymo 퀵-DNA 키트, Thermo Fisher 퓨어링크 게놈 DNA 미니 키트. 사용자는 원하는 다른 키트도 고려할 수 있습니다.

Q4. DNA 분리를 위해 페놀-클로로포름 기반 추출을 사용할 수 있나요?

유기 용매의 잔류가 다운스트림 효소 활성을 저해할 수 있으므로 이러한 방법을 사용하지 않는 것이 좋습니다. 페놀-클로로포름 시약을 사용하는 경우 키트에 입력하기 전에 컬럼 기반 DNA 정제를 사용하는 것이 좋습니다.

Q5. 라이브러리 생성에 얼마나 많은 DNA가 필요합니까?

MagicPrep NGS용 Revelo DNA-Seq Mech는 50ng ~ 500ng의 정제된 고품질 DNA와 함께 사용할 수 있습니다. 이 범위를 벗어나는 입력량은 반응 화학량론에 영향을 미쳐 가변적이고 불만족스러운 결과를 생성하는 최적의 라이브러리를 생성하지 못할 수 있습니다. 더 낮은 입력량 또는 품질이 저하된 샘플을 사용하면 분석 플랫폼의 요구 사항에 따라 수율이 불충분하게 나올 수 있습니다.

Q6. 모든 유기체의 DNA로 MagicPrep NGS용 Revelo DNA-Seq Mech를 사용할 수 있습니까?

Revelo DNA-Seq Mech for MagicPrep NGS는 인간 및 박테리아 샘플에서 분리된 DNA 입력으로 테스트되었습니다. 그러나 모든 DNA 샘플은 시퀀싱 가능한 라이브러리를 생성해야 합니다. 자세한 내용은 Tecan NGS 기술 지원팀( techserv-gn@tecan.com)으로 문의하세요 .

Q7. 이 프로토콜을 시작하기 전에 내 DNA를 단편화해야 하나요?

예. 이 키트에 사용하기 전에 입력 DNA를 미리 단편화해야 합니다.

Q8. 저는 코바리스 기기에 접근할 수 없습니다. 다른 단편화 방법을 사용할 수 있나요?

저희는 MagicPrep NGS DNA-Seq을 개발하는 동안 코바리스 단편화된 DNA만을 평가했습니다. 초음파 처리와 같은 다른 기계적 단편화 수단이 적합할 수 있습니다. 또한 고분자량 게놈 DNA의 효소적 단편화를 특징으로 하는 MagicPrep NGS용 Revelo DNA-Seq Enz도 제공합니다.

Q9. 프로토콜의 단편화 단계를 수행하기 위한 시약을 Tecan에서 제공하나요?

Tecan은 단편화 단계에 사용되는 시약을 제공하지 않습니다. DNA 단편화에는 코바리스 기기를 사용하는 것이 좋습니다.

Q10. 한 번에 8개 미만의 전처리를 수행할 수 있나요?

MagicPrep NGS용 Revelo DNA-Seq Mech는 매번 실행할 때마다 8개의 사전 준비를 수행합니다. 빈 위치는 라이브러리를 생성하지 않습니다. 시약 카트리지 및 샘플 덱 구성 요소는 재사용할 수 없습니다.

Q11. MagicPrep NGS에 대해 Revelo DNA-Seq Mech에서 권장하는 PCR 증폭 사이클 수를 수정할 수 있습니까?

예, 사용자는 샘플 입력에 따라 선택된 권장 값에서 사이클 수를 조정할 수 있습니다. 사용 설명서의 표 2에는 사용할 사이클 수에 대한 지침이 포함되어 있지만, 일부 샘플은 다른 사이클 수에서 더 나은 성능을 보일 수 있습니다.

Q12. 시약의 유효기간이 만료되었습니다. MagicPrep NGS용 Revelo DNA-Seq Mech를 계속 실행할 수 있습니까?

예. 만료된 시약의 사용을 권장하지 않지만, 기기가 만료된 시약의 사용을 감지한 후에도 사용자는 프로토콜을 실행할 수 있는 옵션이 있습니다.

Q13. MagicPrep NGS용 Revelo DNA-Seq Mech 어댑터는 라이브러리에 몇 개의 염기를 추가합니까?

어댑터는 라이브러리에 133bp를 추가합니다.

Q14. 예상 라이브러리 크기는 얼마입니까?

MagicPrep NGS용 Revelo DNA-Seq Mech 라이브러리는 사용자가 제공한 단편화된 DNA의 입력에 비례하는 크기 범위를 나타냅니다. 300-350 bp로 단편화된 입력 DNA의 경우, 총 라이브러리 크기는 400-500 bp가 됩니다.

Q15. 라이브러리와 호환되는 시퀀서는 무엇입니까?

MagicPrep NGS 라이브러리용 Revelo DNA-Seq Mech는 표준 온보드 시퀀싱 프라이머를 사용하는 Illumina 시퀀싱 플랫폼과 호환됩니다.

Q16. 시퀀서에 얼마나 많은 재료를 로드해야 합니까?

시퀀서에서 증폭된 라이브러리의 라이브러리 QC, 정량화, 컬러 밸런싱 및 로딩에 대한 제조업체의 권장 사항을 따르십시오.

Q17. 인덱스 읽기 중 시퀀싱 오류의 영향을 최소화하기 위해 어떤 종류의 오류 보정이 사용되나요?

각 인덱스는 다른 인덱스와 최소 3의 편집 거리를 유지합니다. 이를 통해 다중화 중 하나의 불일치 오류를 수정할 수 있습니다. 인덱스 디자인 전략에 대한 자세한 내용은 Faircloth BC, Glenn TC(2012), 모든 시퀀스 태그가 똑같이 생성되는 것은 아닙니다: 인델에 강한 서열 식별 태그 설계 및 검증. PLoS ONE 7(8): e42543. 도이:10.1371/journal.pone.0042543.

DNA-Seq ENZ

Q1. MagicPrep NGS용 Revelo DNA-Seq Enz에는 어떤 재료가 제공됩니까?

Revelo DNA-Seq Enz for MagicPrep NGS는 샘플 데크 구성품, 시약 카트리지 및 Agencourt 비드 단일 튜브로 구성됩니다.

Q2. 어떤 재료나 장비가 필요하거나 유용합니까?

필수 및 권장 장비의 전체 목록은 아래에서 확인할 수 있습니다:

장비

  • 마이크로피펫: 0.5-10 μL, 2-20 μL, 20-200 μL, 200-1000 μL.
  • 0.2mL 튜브 또는 플레이트용 마이크로원심분리기.
  • 입력 DNA 및 최종 라이브러리의 정량화를 위한 Qubit® 2.0, 3.0 또는 4 형광분석기(Thermo Fisher Scientific) 또는 기타 적절한 형광분석기 및 액세서리.
  • 핵산의 전기영동 분석을 위한 5200 단편 분석기 시스템, Agilent 2100 바이오애널라이저 또는 이와 동등한 제품.

시약

  • 핵산 희석용 저 EDTA TE 버퍼, 1X, pH 8.0 [여러 공급업체] 또는 뉴클레아제가 없는 물 [여러 공급업체].
  • 애질런트 고감도 DNA 키트(애질런트, Cat. #5067-4626) 또는 이와 동등한 제품.

소모품 및 랩웨어

  • 뉴클레아제가 없는 배리어(여과된) 피펫 팁.
  • 0.2mL PCR 스트립 튜브 또는 0.2mL 얇은 벽 PCR 플레이트.
  • DNA OFF™(MP Biomedicals, Cat. #11QD0500) 등의 세척 용액.

Q3. DNA 분리에는 어떤 방법을 추천하나요?

컬럼 기반 추출 방법을 권장합니다. 몇 가지 제안 사항은 다음과 같습니다: Qiagen QIAprep 스핀 미니프렙 키트, Zymo 퀵-DNA 키트, Thermo Fisher 퓨어링크 게놈 DNA 미니 키트. 사용자는 원하는 다른 키트도 고려할 수 있습니다.

Q4. DNA 분리를 위해 페놀-클로로포름 기반 추출을 사용할 수 있나요?

유기 용매의 잔류가 다운스트림 효소 활성을 저해할 수 있으므로 이러한 방법을 사용하지 않는 것이 좋습니다. 페놀-클로로포름 시약을 사용하는 경우 키트에 입력하기 전에 컬럼 기반 DNA 정제를 사용하는 것이 좋습니다.

Q5. 라이브러리 생성에 얼마나 많은 DNA가 필요합니까?

MagicPrep NGS용 Revelo DNA-Seq Enz는 50ng ~ 500ng의 정제된 고품질 DNA와 함께 사용할 수 있습니다. 이 범위를 벗어나는 입력량은 반응 화학량론에 영향을 미쳐서 가변적이고 불만족스러운 결과를 생성하는 최적의 라이브러리를 생성하지 못할 수 있습니다. 더 낮은 입력량 또는 품질이 저하된 샘플을 사용하면 분석 플랫폼의 요구 사항에 따라 수율이 불충분하게 나올 수 있습니다.

Q6. 모든 유기체의 DNA와 함께 MagicPrep NGS 키트용 Revelo DNA-Seq Enz를 사용할 수 있습니까?

Revelo DNA-Seq Enz for MagicPrep NGS는 인간 및 박테리아 샘플에서 분리된 DNA 입력으로 테스트되었습니다. 그러나 모든 DNA 샘플은 시퀀싱 가능한 라이브러리를 생성해야 합니다. 자세한 내용은 Tecan NGS 기술 지원팀( techserv-gn@tecan.com)으로 문의하세요 .

Q7. 한 번에 8개 미만의 준비 작업을 수행할 수 있나요?

MagicPrep NGS 시스템은 매번 실행할 때마다 8개의 준비 작업을 수행합니다. 빈 위치는 라이브러리를 생성하지 않습니다. 시약 카트리지 및 샘플 덱 구성 요소는 재사용할 수 없습니다.

Q8. MagicPrep NGS 시스템에서 권장하는 PCR 증폭 사이클 수를 수정할 수 있나요?

예, 사용자는 샘플 입력에 따라 선택된 권장 값에서 사이클 수를 조정할 수 있습니다. 사용자 가이드의 표 2에는 사용할 사이클 수에 대한 지침이 포함되어 있지만, 일부 샘플은 다른 사이클 수에서 더 나은 성능을 보일 수 있습니다.

Q9. 시약의 유효기간이 만료되었습니다. 이 시약을 사용하여 MagicPrep NGS 시스템에서 실행할 수 있나요?

예. 만료된 시약의 사용을 권장하지 않지만, 기기가 만료된 시약의 사용을 감지한 후에도 사용자는 프로토콜을 실행할 수 있는 옵션이 있습니다.

Q10. MagicPrep NGS용 Revelo DNA-Seq Enz 어댑터는 라이브러리에 몇 개의 염기를 추가합니까?

어댑터는 라이브러리에 133bp를 추가합니다.

Q11. 예상 라이브러리 크기는 얼마입니까?

고품질 인간 DNA로 생성된 Revelo DNA-Seq Enz for MagicPrep NGS 라이브러리에는 평균 300-350 bp의 인서트가 포함되어 있습니다. 총 라이브러리 크기는 400-500 bp입니다.

Q12. 어떤 시퀀서가 라이브러리와 호환되나요?

MagicPrep NGS 라이브러리용 Revelo DNA-Seq Enz는 표준 온보드 시퀀싱 프라이머를 사용하는 Illumina 시퀀싱 플랫폼과 호환됩니다.

Q13. 시퀀서에 얼마나 많은 재료를 로드해야 합니까?

시퀀서에서 증폭된 라이브러리의 라이브러리 QC, 정량화, 컬러 밸런싱 및 로딩에 대한 제조업체의 권장 사항을 따르십시오.

Q14. 인덱스 읽기 중 시퀀싱 오류의 영향을 최소화하기 위해 어떤 종류의 오류 보정이 사용되나요?

각 인덱스는 다른 인덱스와 최소 3의 편집 거리를 유지합니다. 이를 통해 다중화 중 하나의 불일치 오류를 수정할 수 있습니다. 인덱스 디자인 전략에 대한 자세한 내용은 Faircloth BC, Glenn TC(2012), 모든 시퀀스 태그가 똑같이 생성되는 것은 아닙니다: 인델에 강한 서열 식별 태그 설계 및 검증. PLoS ONE 7(8): e42543. 도이:10.1371/journal.pone.0042543.

mRNA-Seq

Q1. MagicPrep NGS용 Revelo mRNA-Seq에는 어떤 재료가 제공되나요?

Revelo mRNA-Seq for MagicPrep NGS는 샘플 덱 구성품, 시약 카트리지 및 Agencourt 비드 한 튜브로 구성됩니다.

Q2. 어떤 재료나 장비가 필요하거나 유용하나요?

필수 및 권장 장비의 전체 목록은 아래에서 확인할 수 있습니다:

장비

  • 마이크로피펫: 0.5-10 μL, 2-20 μL, 20-200 μL, 200-1000 μL.
  • 0.2mL 튜브 또는 플레이트용 마이크로원심분리기.
  • 입력 DNA 및 최종 라이브러리의 정량화를 위한 Qubit® 2.0, 3.0 또는 4 형광분석기(Thermo Fisher Scientific) 또는 기타 적절한 형광분석기 및 액세서리.
  • 핵산의 전기영동 분석을 위한 5200 단편 분석기 시스템, Agilent 2100 바이오애널라이저 또는 이와 동등한 제품.

시약

  • 핵산 희석용 저-EDTA TE 버퍼, 1X, pH 8.0 [여러 공급업체] 또는 뉴클레아제가 없는 물 [여러 공급업체].
  • 애질런트 고감도 DNA 키트(애질런트, Cat. #5067-4626) 또는 동급 제품

소모품 및 실험실 도구

  • 차단(여과) 피펫 팁, 뉴클레아제 무함유.
  • 0.2mL PCR 스트립 튜브 또는 0.2mL 얇은 벽 PCR 플레이트.
  • RNaseZap® RNase 오염 제거 용액(Thermo Fisher Scientific, 카탈로그 번호 #AM9780) 및 DNA OFF™(MP Biomedicals, 카탈로그 번호 #11QD0500) 등의 세척 용액.

Q3. RNA 분리에는 어떤 방법을 권장하나요?

다음과 같은 컬럼 기반 방법을 권장합니다:

  • 노르젠 바이오텍 토탈 RNA 정제 키트.
  • Zymo Research Quick-RNA™ 키트.
  • 아크투러스 피코퓨어® RNA 분리 키트.
  • 앰비온 퓨어링크® RNA 미니 키트.
  • Qiagen RNeasy 키트.

TRIzol® 시약과 같은 유기적 방법은 이후 컬럼 기반 클린업 방법을 따라야 합니다.

Q4. RNA 분리를 위해 TRIzol® 또는 기타 페놀-클로로포름 기반 추출을 사용할 수 있습니까?

유기 용매의 잔류가 다운스트림 효소 활성을 저해할 수 있으므로 TRIzol® 또는 이와 유사한 방법을 사용하지 않는 것이 좋습니다. TRIzol 추출 RNA를 사용하는 경우, 키트에 입력하기 전에 컬럼 기반 정제법을 사용하는 것이 좋습니다.

Q5. RNA 분리 중에 캐리어 RNA를 사용할 수 있나요?

아니요. 캐리어 RNA가 잔류하면 데이터 품질이 저하될 수 있습니다.

Q6. 라이브러리 생성에 필요한 총 RNA의 양은 얼마입니까?

MagicPrep NGS용 Revelo mRNA-Seq은 10ng~1μg의 정제된 고품질(RIN ≥7.0) 총 RNA와 함께 사용할 수 있습니다. 이 범위를 벗어나는 입력량은 반응 화학량론에 영향을 미쳐서 가변적이고 불만족스러운 결과를 생성하는 최적의 라이브러리가 되지 않을 수 있습니다. 입력량이 적으면 분석 플랫폼의 요구 사항에 따라 수율이 불충분할 수 있습니다.

Q7. MagicPrep NGS용 Revelo mRNA-Seq으로 샘플을 처리하기 전에 rRNA 디플로이션 또는 폴리(A) 농축 단계를 수행해야 합니까?

rRNA 디플로이먼트 또는 폴리(A) 농축 단계는 필요하지 않습니다. MagicPrep NGS용 Revelo mRNA-Seq과 함께 총 RNA 입력을 사용합니다.

Q8. 정제된 총 RNA 샘플의 DNase 처리를 권장합니까?

예. 정제된 총 RNA 샘플을 사용할 경우, 프로세스 중에 다량의 오염된 게놈 DNA가 증폭될 수 있습니다. 따라서 MagicPrep NGS용 Revelo mRNA-Seq을 실행하기 전에 DNase 처리를 권장합니다.

Q9. 모든 유기체의 RNA와 함께 MagicPrep NGS용 Revelo mRNA-Seq을 사용할 수 있습니까?

Revelo mRNA-Seq for MagicPrep NGS는 인간 샘플에서 분리된 전체 RNA 입력으로만 설계 및 테스트되었습니다. 그러나 3ˇ-폴리(A) 서열의 일부분을 포함하는 모든 입력 RNA 샘플은 시퀀싱 가능한 라이브러리를 생성해야 합니다. 자세한 내용은 Tecan NGS 기술 지원팀( techserv-gn@tecan.com)에 문의하세요 .

Q10. 한 번에 8개 미만의 준비 작업을 수행할 수 있습니까?

MagicPrep NGS용 Revelo mRNA-Seq은 매번 실행할 때마다 8개의 준비 작업을 수행합니다. 빈 위치는 라이브러리를 생성하지 않습니다. 시약 카트리지 및 샘플 덱 구성 요소는 재사용할 수 없습니다.

Q11. MagicPrep NGS용 Revelo mRNA-Seq은 리보솜 RNA를 고갈시키나요?

아니요. Revelo mRNA-Seq for MagicPrep NGS는 폴리(A) 선택을 사용하여 폴리-아데닐화된 mRNA 전사를 표적으로 삼습니다. 이를 통해 rRNA 오염을 최소화한 시퀀싱 데이터를 생성합니다.

Q12. MagicPrep NGS를 위해 Revelo mRNA-Seq에서 권장하는 PCR 증폭 사이클 수를 수정할 수 있습니까?

예, 사용자는 샘플 입력에 따라 선택된 권장 값에서 사이클 수를 조정할 수 있습니다. 사용 설명서의 표 2에는 사용할 사이클 수에 대한 지침이 포함되어 있지만, 일부 샘플은 다른 사이클 수에서 더 나은 성능을 보일 수 있습니다.

Q13. MagicPrep NGS용 Revelo mRNA-Seq 라이브러리는 스트랜드가 있습니까?

예, MagicPrep NGS용 Revelo mRNA-Seq으로 준비된 라이브러리는 가닥이 있습니다. 첫 번째 시퀀싱 판독은 센싱 가닥을 나타냅니다.

Q14. 시약의 유효기간이 만료되었습니다. MagicPrep NGS용 Revelo mRNA-Seq을 계속 실행할 수 있습니까?

예. 만료된 시약의 사용을 권장하지 않지만, 기기가 만료된 시약의 사용을 감지한 후에도 사용자는 프로토콜을 실행할 수 있는 옵션이 있습니다.

Q15. MagicPrep NGS용 Revelo mRNA-Seq 어댑터는 라이브러리에 몇 개의 염기를 추가합니까?

어댑터는 라이브러리에 133bp를 추가합니다.

Q16. 예상 라이브러리 크기는 얼마입니까?

고품질 인간 총 RNA로 생성된 Revelo mRNA-Seq for MagicPrep NGS 라이브러리에는 평균 300-350 bp의 인서트가 포함되어 있습니다. 총 라이브러리 크기는 400-500bp입니다.

Q17. 어떤 시퀀서가 라이브러리와 호환되나요?

MagicPrep NGS 라이브러리용 Revelo mRNA-Seq은 표준 온보드 시퀀싱 프라이머를 사용하는 Illumina 시퀀싱 플랫폼과 호환됩니다.

Q18. 시퀀서에 얼마나 많은 재료를 로드해야 합니까?

시퀀서에서 증폭된 라이브러리의 라이브러리 QC, 정량화, 컬러 밸런싱 및 로딩에 대한 제조업체의 권장 사항을 따르십시오.

Q19. 인덱스 읽기 중 시퀀싱 오류의 영향을 최소화하기 위해 어떤 종류의 오류 보정이 사용되나요?

각 인덱스는 다른 인덱스와 최소 3의 편집 거리를 유지합니다. 이를 통해 다중화 중 하나의 불일치 오류를 수정할 수 있습니다. 인덱스 디자인 전략에 대한 자세한 내용은 Faircloth BC, Glenn TC(2012), 모든 시퀀스 태그가 똑같이 생성되는 것은 아닙니다: 인델에 강한 서열 식별 태그 설계 및 검증. PLoS ONE 7(8): e42543. 도이:10.1371/journal.pone.0042543.




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Tab 06 /
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MagicPrep NGS 웨비나

업계 전문가들이 최신 애플리케이션과 워크플로우에 대한 인사이트를 공유하여 실험실에서 최첨단 기술을 최신 상태로 유지할 수 있도록 도와드립니다.

MagicPrep NGS를 사용하여 전례 없이 쉽게 낮은 처리량의 NGS 라이브러리 준비를 자동화하는 데 도움이 되는 웨비나를 살펴보세요. 이 강력한 시스템은 DNA-Seq 및 mRNA-Seq에 대해 일관되고 재현 가능한 결과를 제공하므로 실험실에서 라이브러리 제작이 아닌 다음 단계의 혁신에 집중할 수 있습니다.

미세 중력이 인간 병원성 바이오필름과 미생물 생태계에 미치는 영향

크리스토퍼 메이슨, 박사, 미국 웨일 코넬 의과대학 유전체학, 생리학 및 파이오물리학 교수

자동화된 HTS 라이브러리 준비로 백신 개발 가속화

그레이엄 프라이마니스, 박사, 고처리량 시퀀싱 책임자, 피어브라이트 연구소, 영국

암 연구를 위한 차세대 시퀀싱 라이브러리 준비 자동화

고팔 아이어, 박사, 조교수, 위스콘신-매디슨 대학교 인간 종양학과, 미국

감염 진단, 폐수 감시 및 발병 조사를 위한 임상 메타게놈 시퀀싱

찰스 치우 박사, 진단검사의학 및 의학 교수, 감염병학과 & 임상 미생물학 연구실 부소장

개인화된 파지 치료에서 라이브러리 준비의 역할과 중요성

오스틴 터윌리거 박사, 베일러 의과대학 TAILΦR 연구소 운영 책임자




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Tab 07 / &
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MagicPrep NGS software update v. 1.6 – available now!

This software version provides important updates to the MagicPrep NGS system to add new applications and improve performance and error handling.

Key improvements are:

  • Add scripts for the Revelo PCR-free DNA-Seq Enz for MagicPrep NGS kit.
  • Additional enhancements and bug fixes for improved reliability.

Updating your MagicPrep NGS system to this software version is highly recommended.

 

애플리케이션 노트

차세대 염기서열 분석(NGS)은 학술 및 임상 연구의 표준 도구입니다. 최초의 일루미나 NGS 플랫폼이 도입된 이후, NGS의 처리량, 처리 시간 및 비용이 크게 개선되었습니다. 그러나 NGS 라이브러리 구축 프로세스는 크게 변하지 않았습니다. 몇 가지 혁신이 있었지만, 이 과정은 여전히 1가닥 및 2가닥 cDNA 합성(RNA의 경우), 말단 복구, 어댑터 연결 및 PCR 증폭의 기본 단계를 따릅니다.

앰플리콘 기반 라이브러리의 일상적인 수작업 준비는 최소 5시간의 분석 시간이 필요하고 0.5시간의 중단 없는 워크어웨이 시간만 할당되기 때문에 직원에게 부담이 될 수 있습니다. MagicPrep NGS는 앰플리콘 기반 라이브러리 생성을 자동화하여 시간을 절약할 수 있는 이상적인 솔루션입니다.

Tecan의 MagicPrep NGS 시스템은 완전 자동화된 NGS 라이브러리 준비를 위한 독보적인 솔루션입니다. 이 시스템은 하드웨어, 소프트웨어, 시약, 소모품을 결합하여 작동하는 완벽한 솔루션을 제공합니다. 10분 정도의 초기 설정이 끝나면 사용자는 자리를 떴다가 다시 돌아와 완성된 NGS 라이브러리를 확인할 수 있습니다(그림 1). 이 기기는 동시에 8개의 라이브러리를 생성하여 처리량이 중간에서 낮은 실험실을 위한 시퀀싱 라이브러리 준비를 위한 자동화된 솔루션을 제공합니다.

브로셔

Tecan의 MagicPrep NGS는 NGS 라이브러리 준비를 위한 새로운 유형의 자동화 솔루션입니다. 새롭게 재구성되고 재설계된 이 솔루션은 누구나 사용할 수 있는 간단한 솔루션을 제공합니다. Tecan의 MagicPrep NSG 시스템은 다음과 같은 다양한 장점과 기능을 제공합니다.

포스터

게놈 라이브러리의 일상적인 수작업 준비는 최대 5~7.5시간이 소요되는 고된 과정입니다. MagicPrep NGS는 DNA 및 RNA 라이브러리 준비를 자동화하여 시간을 절약할 수 있는 핸즈프리 워크어웨이 솔루션입니다.

게놈 라이브러리의 일상적인 수작업 준비는 시퀀싱 전 약 5~7.5시간이 소요되는 고된 과정입니다. MagicPrep NGS는 DNA 및 RNA 라이브러리 준비를 자동화하여 시간을 절약할 수 있는 핸즈프리 워크어웨이 솔루션입니다.

고객 애플리케이션

세르코스포라 잎점무늬병(CLS)은 곰팡이 병원균인 세르코스포라 베티콜라에 의해 발생하는 파괴적인 질병입니다. 사탕무에서 CLS는 회수 가능한 당 함량을 감소시키기 때문에 가장 문제가 되는 질병 중 하나이며, CLS를 방제하는 방법은 제한적입니다. 이 곰팡이 병원균에 대한 연구는 살균제 내성을 빠르게 개발하는 능력으로 인해 매우 중요합니다. 미국 농무부 농업연구청의 과학자들은 살균제 내성 변종을 탐지하기 위한 분석법을 개발하는 동시에 CLS의 역학, 전 세계적인 다양성 및 가능한 전염 경로를 이해하는 데 주력하고 있습니다. 이러한 연구는 진단 목적의 병원균 내성에 대한 인사이트를 제공하고 이 질병의 지속적인 확산을 방지하는 데 도움이 될 것으로 기대됩니다.

운영 매뉴얼

안전 데이터 시트

Revelo mRNA-Seq for MagicPrep NGS 키트 안전 데이터 시트

MagicPrep NGS 키트용 Revelo DNA-Seq Enz 안전 데이터 시트

Revelo DNA-Seq Mech for MagicPrep NGS 키트 안전 데이터 시트

*성공률은평균 내부 데이터를 기준으로 합니다. 샘플 품질과 변동성이 성공률에 영향을 미칠 수 있습니다.

연구용으로만 사용하세요. 진단 절차에 사용할 수 없습니다.